A Copa do Brasil 2025 já tem todos os Clubes definidos para a terceira fase. A partir desta etapa, os clubes que começaram o torneio na primeira fase terão a companhia das equipes que estavam disputando a Libertadores, como o Bahia, além de Cruzeiro (9º colocado no Brasileiro), Santos (campeão da Série B), Paysandu (campeão da Copa Verde) e CRB (vice-campeão da Copa do Nordeste).

Os confrontos serão definidos por sorteio, que ainda não teve data divulgada pela CBF, mas as partidas estão marcadas para acontecer nos dias 30 de abril e 21 de maio.
Os 32 times classificados foram divididos em dois potes, com 16 equipes em cada. A divisão foi feita de acordo com o ranking da CBF, com os 16 melhores ranqueados no pote 1 e o restante no pote 2. O Bahia, único representante baiano ainda na Copa do Brasil, está no pote 1 e, portanto, enfrentará uma equipe do pote 2 no sorteio. Veja os potes abaixo:




